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關於掃描格式常見的有:TIFF、JPG、PDF,根據客戶的最終需求不同,通常會採用不同的格式來做為最終儲存,例如:TIFF 格式適用於典藏,而 JPG 及 PDF 則適用於瀏覽使用。

TIF:Tagged Image File format(在 PC 縮寫為 TIF;在 MAC 縮寫為 TIFF),它是由 Aldus 和 Microsoft 公司為促進桌上排版及影像掃描之使用所發展出來的影像檔案格式。使用 LZW (Lempel-Ziv and Welch) 的壓縮方式來壓縮檔案適合與其它平台作檔案轉換。

JPG:在 MAC 稱為 JPEG,是由 Joint Photographic Experts Group 所發展,是一個工業標準的檔案壓縮格式,是 WWW 網頁上最受歡迎的檔案格式,如照片所用的壓縮格式。JPG 可提供 100:1 的壓縮比,因被當作國際標準。不過 JPEG 在壓縮時會損失一些原始的資料,在壓縮超過25:1時,影像的鮮銳度就會受到影響,在儲存JPG檔時,在 Image Quality 處可以設定檔案壓縮品質,品質設定越高,檔案會越大,而檔案的大小比約為:Low:Medium:High:Maximum=1:1.4:2.8:5.2。儲存 JPEG 檔後,再開啟時,檔案會自動解壓縮。 JEPG 無法像 GIF 檔案可作交錯 (Interlaced) 的呈現。