关於扫描格式常见的有：TIFF、JPG、PDF，根据客户的最终需求不同，通常会采用不同的格式来做为最终储存，例如：TIFF 格式适用於典藏，而 JPG 及 PDF 则适用於浏览使用。

TIF：Tagged Image File format（在 PC 缩写为 TIF；在 MAC 缩写为 TIFF），它是由 Aldus 和 Microsoft 公司为促进桌上排版及影像扫描之使用所发展出来的影像档案格式。使用 LZW (Lempel-Ziv and Welch) 的压缩方式来压缩档案适合与其它平台作档案转换。

JPG：在 MAC 称为 JPEG，是由 Joint Photographic Experts Group 所发展，是一个工业标准的档案压缩格式，是 WWW 网页上最受欢迎的档案格式，如照片所用的压缩格式。JPG 可提供 100：1 的压缩比，因被当作国际标准。不过 JPEG 在压缩时会损失一些原始的资料，在压缩超过25：1时，影像的鲜锐度就会受到影响，在储存JPG档时，在 Image Quality 处可以设定档案压缩品质，品质设定越高，档案会越大，而档案的大小比约为：Low：Medium：High：Maximum=1：1.4：2.8：5.2。储存 JPEG 档后，再开启时，档案会自动解压缩。 JEPG 无法像 GIF 档案可作交错 (Interlaced) 的呈现。